Монастырь расположен на краю д. Кветунь, на правом высоком и крутом берегу Десны, на территории селища IX-XII вв. (по мнению В. А. Падина – посада древнего Трубчевска, перенесённого в XII в. на новое место). Монастырь основан, вероятно, в XVI в., однако первые документальные сведения имеются только с начала XVII столетия. По устным преданиям, обитель «из земляного замка с тайным подземным ходом и высоким валом», берёт своё начало в глубокой древности. В монастырских архивах документов о времени возникновения монастыря не сохранилось.